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Los años cuarenta y cincuenta el Club vivió una expansión muy importante por las buena relaciones comerciales de las empresas locales que gestionaron la venida de equipos de primera línea Nacional, así como también de jugadores internacionales de España y Extranjeros, lo cual posibilitó que el R.C.D. Español, el R. Zaragoza, Valencia C.F, F.C Barcelona, combinados Vascos, Catalanes e incluso el de Hungría, jugaran en el Campo Los Pinos, revitalizando el nombre del Club y el de Alaior, en especial al llegar las fiestas patronales ("Sant Llorenç") con partidos cumbres del verano Menorquín.
La temporada 1954/1955 el equipo participó por primera vez en la 3ª División, competición que participó durante 14 Temporadas, hasta 1968. Después del retorno a la Regional durante 11 temporadas, el equipo retorna a la Liga Balear, (Temporada 1979/1980), en la cual participa continuadamente hasta la temporada 2011/2012, (32 temporadas) suponiendo un récord Nacional de permanencia continuado en esta Categoría, ya que no hay ningún Club en España que haya superado este número de temporadas consecutivas en la 3ª División Nacional.
El Club siempre ha jugado en el mismo campo Los Pinos, el cual desde el año 1923 es el recinto de la diferentes equipos, siendo el Campo más antiguo de Fútbol Menorquín en su misma ubicacion. El CE.Alaior siempre ha vestido camiseta a rayas verticales blanquinegras, así como pantalón negro y medias negras con vuelta blanca.

El Fútbol comenzó a jugarse en Alaior a principios del siglo XX con la disputa de partidos esporádicos con equipos locales y otros que visitaban la población, para que en la década de los años veinte se crearan equipos más estables, que motivaran en la temporada 1924/1925 la inscripción oficial del Alayor FC. y posteriormente el CD. Alayorense, los cuales participaron en los campeonatos Insulares hasta la Temporada 1928/1929, para posteriormente estar 4 años sin competición oficial en Menorca y a la reanudación de esta, los equipos Alaiorenses determinaron fusionarse, inscribiendo el 3 Noviembre de 1934 en el actual CE.Alaior, pero hasta después de la contienda Nacional no volvieron a competir (Temporada 1944/1945), manteniéndose hasta la actual.